Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta kepada Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, mendorongnya memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas top Amerika, meskipun pencapaiannya di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, sehingga mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas inteligensi.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berprestasi sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, serta menjadi editor-in-chief majalah sekolah. Patut dicatat, selama waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
